As Leis Complementares nºs 42 de 19 de março de 1991 e 133 de 22 de junho de 1995, mantiveram as mesmas finalidades determinadas pelo Decreto-Lei nº 1 de 31 de dezembro de 1981. Em Janeiro de 2000 saiu a Lei Complementar Nº 224 que modificou a Organização Administrativa do Poder Executivo Estadual, e consequentemente, a estrutura organizacional da SEPLAN. A mesma passou a ter como responsabilidade as atividades inerentes ao sistema de administração, absorvendo em suas competências, as atividades de recursos humanos, Apoio administrativo e controle de material e de patrimônio, através das coordenadorias gerais, subordinadas à secretaria. A junção fez com que fosse alterado o nome da Secretaria de Planejamento e Coordenação Geral (SEPLAN), para Secretaria de Planejamento, Coordenação Geral e Administração (SEPLAD). Com a aprovação da LC – 327 de 13/12/2005 a SEPLAD volta a chamar-se SEPLAN, tendo o Sistema Estadual de Administração desvinculado do Sistema Estadual de Planejamento.